O CNE está organizado em 20 Regiões, coincidentes com as Dioceses existentes em Portugal, são elas:

Nas Regiões onde se verifique um elevado número de Agrupamentos, ou onde a distribuição geográfica tenha características especiais, podem os Agrupamentos de uma determinada área territorial organizar-se em Núcleos. Existem núcleos nas Regiões dos Açores, Braga, Coimbra, Lisboa e Porto.

Constituindo uma resposta específica o CNE tem ainda dois Agrupamentos fora do território nacional: em Macau, na China (Agrupamento 341) e em Genebra, na Suiça (agrupamento 1308).

Cada Agrupamento exerce a sua acção, em princípio, na área de uma Paróquia.